一般情况下，由于个体差异，儿童益生菌什么时候吃最好的说法不恰当，家长可以在儿童大便比较干燥或者便秘的时候，给儿童吃益生菌。具体内容如下：
儿童并不是一定要吃益生菌的，如果孩子出生以后以及在发育期间，饮食和大便各方面都是正常的，通常不需要给孩子服用益生菌。但如果儿童大便比较干燥或者存在便秘的情况，则可以给儿童服用益生菌进行调理。
益生菌可以改善免疫力，预防多种疾病。婴儿肠道系统可以占到免疫系统的2/3，所以说胃肠道当中正常菌群的建立就非常重要。益生菌可以促进消化，有效的避免了消化功能的紊乱和营养不良。特别对于拉肚子便秘，效果还是相当不错的。
选择正规品牌的益生菌服用就可以了，益生菌有缓解乳糖不耐症状，促进机体营养吸收的作用，而且益生菌有整肠作用，调整微生态失调，防治腹泻，同时益生菌能代谢产物产生生物拮抗，增强人体免疫力。
儿童吃的主要还是要选大品牌、口碑好的益生菌，可以吃合生元益生菌，是新包装的，口碑什么的都不错，也就吃了几天的功夫，孩子腹泻就得到了缓解，打算继续给宝宝补充，调理肠道健康。
儿童便秘可以吃益生菌，但并不是所有的益生菌对便秘有效。具体分析如下：
小儿便秘建议口服以双歧杆菌为主要成分的益生菌，这种益生菌可以生成酸性的液体，让原本有些碱性的肠道环境呈现出一种偏酸性的状态，从而加快肠的蠕动，加快粪便的排泄，帮助人体的消化和吸收。益生菌对便秘有一定的治疗作用，通常要花费一个多星期的时间，另外在饭后的30分钟内使用益生菌最佳。
儿童益生菌饭后吃比较好，因为在饭后食物是可以中和胃酸的，这样有助于活菌更顺利的到达肠道，从而发挥益生菌的作用。而且饭后吃益生菌存活率是最高的，应该吃过饭马上吃益生菌。适量的服用一些益生菌，能够起到降血压的作用，还可以预防癌症。