肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口，主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感，若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通，如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
二级疼痛。肛瘘大多采用拔线手术，术后要定期绷紧线，这主要是为了保持橡皮筋的作用，可以起到慢性切割、绷紧线时有疼痛症状，一般一个月后肛瘘手术后要用橡皮筋绷紧线将基本拉紧。
手术过程是无痛的，因为手术中需要骶管麻醉。麻醉效果令人满意，不会出现疼痛症状。然而，一旦手术后麻醉药物通过，疼痛可能会发生。然而，如果疼痛无法忍受，止痛药物仍然可以使用。
一般手术14天后就不会有疼痛了，因为每个人的痛阈值不同，所以自觉疼痛的程度和时间也不尽相同，如果疼痛明显，伴有肛周出血等，可能存在手术并发症，及时复诊，如果只是疼痛难忍，可以适当的服用少量的止痛药。
肛瘘手术之后有一定疼痛的情况，肛瘘手术之后也有复发的可能性，一定要到当地三甲医院进行手术，手术之后一定要按时进行换药，注意多喝水，多吃新鲜蔬菜和水果，保持肛瘘创面引流的通畅，避免大便干燥的情况。
