服药后有少数病人有轻度的头痛，头昏，恶心，呕吐，腹泻，口干，乏力等不良反应，不过这些是正常的不良反应，不用担心，停药后自然恢复，急性病，蛋白尿，化脓性或弥漫性皮炎，癫痫以及孕妇不应服用，有严重肝，肾疾病者，心脏功能不全以及活动性溃疡病人应该谨慎服用，或者在医师的知道下服用，少数病人服药后可能在3~10天开始出现驱虫效果。
大人也可能长虫的，应该检查后药物治疗。服用肠虫清一定要腹痛缓解时口服。否则虫体活跃，容易造成肠穿孔。在空腹时服用。一次一片即可，可以隔日，或隔几天之后再一次。不能超过两片。
孩子需要满两岁才可以吃肠虫清的，可以继续治疗，或者是服用药物进行驱虫治疗。使用了驱虫药服用不超过三天，同时避免在饥饿的状态下服用。咱服用的期间也需要注意，避免服用生冷和油腻的食物。
首先2岁以下儿童不适合服用肠虫清，有蛋白尿、化脓性皮炎以及各种急性疾病禁用。蛲虫病易自身重复感染，服药2周后应重复给药一次。脑囊虫病人必须住院治疗，以免发生意外。如果合并眼囊虫病时，必须先手术摘除虫体，再进行药物治疗。
孩子本身有严重的肝、肾功能不全，是不能够口服肠虫清的。还有些孩子口服肠虫清后，容易出现以下的不良反应，包括轻度的头痛、恶心、呕吐、腹泻等，不用特别处理，多数情况下是自行消失的，不用过于担心。
