怀孕前卵巢囊肿可能是由于体内激素的刺激，导致卵巢囊肿增大，但是怀孕初期不会出现卵巢囊肿疼痛。
怀孕初期受体内激素的刺激，只会使囊肿增大，而不会引起囊肿的破裂和扭转。如果是卵巢巧克力囊肿，怀孕后卵巢巧克力囊肿会慢慢萎缩，所以卵巢巧克力囊肿不会引起疼痛，反而会随着孕周的增加而逐渐萎缩变小，甚至有可能是怀孕后自愈。
通常情况下，卵巢囊肿出现疼痛症状可能与囊肿大小和性质有关系。如果患者患有的囊肿体积小，直径在3cm以内，通常是没有疼痛感的。但是如果囊肿持续增大，直径超过5cm，就有可能会出现疼痛感的。而且用手按压的时候，腹部可能会有压痛、反跳痛等症状。如果是生理性的黄体囊肿或者滤泡囊肿，一般会跟随月经来潮自行消失，没有疼痛感。而病理性的巧克力囊肿，可能会出现进行性加重的痛经。
卵巢囊肿是不会引起腹痛的。但特殊的情况下，如卵巢囊肿蒂扭转会引起剧烈的腹痛。卵巢囊肿蒂扭转多发生于瘤蒂较长的，活动度良好的肿物。突然改变体位时容易发生蒂扭转，一旦确诊后要尽快手术治疗。
如果确诊有卵巢囊肿，平时是有可能会下腹部疼痛的。如果囊肿比较大，必须手术治疗，如果囊肿比较小，B超排除是否排卵引起的黄体囊肿。月经干净后B超检查，如果黄体囊肿，一般月经干净以后，会自动消失。
卵巢囊肿术后恢复时间与年龄、体质、囊肿严重程度等有关，囊肿手术属于破坏性手术，为完全切除，一般恢复相对较快。一般7天可出院。卵巢囊肿术后需进行适度活动，避免粘连。卵巢囊肿可进行腹腔镜微创手术，术后应用防止粘连的药物，利于术后康复。此外需注意补充营养，充分休息，勿食生冷食物，保持良好心情，定期复查。
腰痛不能排除是卵巢囊肿引起的，不过卵巢囊肿如果不是很大，不会引起其他的临床症状，有腰痛症先坐一下腰部x光检查，排除腰椎疾病引起的。有卵巢囊肿应该定期做妇科检查，随时监测囊肿的情况，有卵巢囊肿不要有过于剧烈的运动，防止囊肿发生蒂扭转。