蝶窦囊肿最易累及视神经，影响患者视力，早期手术有利于视力的恢复。鼻内窥镜下蝶窦囊肿摘除术有损伤小，出血少，痛苦轻，手术时间短，安全，术后恢复快等优点。蝶窦囊肿是一种良性肿瘤样病变，主要的症状为头痛。
腱鞘囊肿手术治疗后还有可能会复发。
腱鞘囊肿的产生与工作和体育相关，如果经常屈伸腕关节，很可能导致腕部的腱鞘囊肿和腱鞘炎，反复的屈伸踝关节和反复的跑步等疲劳的运动都会导致腱鞘囊肿或腱鞘的感染，在手术完全的切除之后，在一段时间之后，如果进行一系列的工作和锻炼，不小心，仍然是疲劳的反复的运动，导致了肌肉的反复屈伸，导致了局部的炎症，从而导致了囊肿的产生。所以在做完了腱鞘囊肿之后，不注意经常做重复的动作，再做疲劳的活动也会导致肌腱鞘囊肿的再次出现。
头部囊肿主要是指颅内的蛛网膜囊肿，它是颅内的一种先天性的囊性病变，囊内含有脑脊液，由于是良性病变，囊肿与周围脑组织边界清楚。手术一般先释放囊腔内的脑脊液，然后沿着囊肿的边界，仔细分离与脑组织的粘连，它位于大脑凸面的颞叶比较表浅的位置，手术相对比较容易。但是在分离囊壁的过程中，有可能会造成脑组织的出血，引发癫痫，并且如果囊壁切除不完全，有可能会造成术后的复发。蛛网膜囊肿手术相对简单，风险不大。
卵巢囊肿的手术治疗方法包括腹腔镜手术与开腹手术两种手术途径。开腹手术包括开腹的卵巢囊肿剥除术以及开腹的患侧附件切除术；腹腔镜手术包括腹腔镜下卵巢囊肿剥除术以及腹腔镜下患侧附件切除术。对于年轻、有生育要求的病人，卵巢囊肿一般选择腹腔镜卵巢囊肿剥除术或者开腹卵巢囊肿剥除术。对于年龄比较大、没有生育要求、或者绝经后的女性，可以选择开腹的患侧附件切除术或者腹腔镜下患侧附件切除手术。
良性卵巢囊肿的手术治疗：卵巢囊肿切除术，年轻者尤其是绝经者前多采用此种术式，输卵管卵巢切除术，适用年龄较大(45岁以上)或绝经后者，恶性卵巢囊肿的手术治疗：多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，也可考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。
对于小于8cm的巧克力囊肿，可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失；而对于较大的巧克力囊肿，需要以手术治疗为先，以防巧克力囊肿因身体运动引起缔结扭转或破裂而加重病情。
