通常来说，马尾神经损伤可以进行药物治疗、康复训练等进行处理。
马尾神经损伤可能会对局部压迫，为了消除脑积水，建议给予营养神经的药物，而在神经系统受损后，根据数据显示，在接受各种药物，外科和理疗的情况下，每天神经的最大复原速率是1mm；但如果患者在轻微的压力下，神经没有受到损伤，会阴区的皮肤没有任何的损伤，只要经过积极的处理，就能完全康复。如果是由于神经损伤导致尿失禁，则很难康复。
如果是马尾神经功能受损相对比较少见。要有营养改善，活血按摩，要使用一些营养神经的药物，马尾位置的损害，主要还是考虑车祸外伤或者高空坠落引起的横断面的损害可能性高一些。治疗的难度是比较高的，可能会引起排尿，排便功能反射异常。
马尾神经受损症状表现为膝关节及其以下诸肌受累，膝、踝关节及足部功能障碍，步态明显不稳，由于足伸、屈功能丧失，小便失禁。感觉功能受损为损伤平面以下深浅感觉丧失，表现为股部后侧、小腿后侧、足部及马鞍区感觉减弱或消失。
出现马尾神经损伤后，如果没有具体的明显神经损伤症状，不用采取特殊治疗，可以给予定期观察。如果出现马尾神经损伤后，出现四肢放射性疼痛或电击样疼痛，同时出现皮肤感觉减退、刺痛，出现二便异常、病理反射，影响病人的正常生活。要采取治疗，首先可以采取保守治疗，减少活动量，卧床休息，可以给予神经营养药物进行治疗。
可以采用细胞移植等物理因素神经刺激或调控、药物或化学等各种干预策略，在原有神经解剖和功能基础上，促进被破坏或受损害神经再生修复和重塑实现神经功能修复。
马尾神经属于周围神经，周围神经损伤的相对预后较好，因为周围神经是可再生的，但其恢复程度和残废与否与具体情况有关。仅损伤髓鞘，恢复较好，损伤轴突和细胞体较差。常用的治疗方法与损伤方式有关，包括营养神经药物，适当的激素，辅助活血化瘀，康复理疗和中医针灸等。早期药物有时效果良好，晚期康复理疗可能更重要。