一般来说，早孕孕酮低应该根据实际情况来处理。
孕酮是一种类固醇激素，主要在卵巢黄体的细胞以及妊娠胎盘中产生孕激素。早孕孕酮低应该检查彩超，确诊是宫内孕和宫外孕，并遵医嘱服用黄体酮进行保胎治疗
患者平时应该注意营养均衡，清淡饮食；早睡早起，避免熬夜以及过度劳累；应该适当运动，比如慢跑、游泳等，提高免疫力。
怀孕12周了孕酮低，阴道没有出血等异常症状，不需要特殊处理，这时候胎盘已经形成，孕激素开始由胎盘分泌代替妊娠黄体分泌，受精卵着床相对来说比较牢靠，不会因孕酮低导致流产的发生，出现阴道出血或者身体异常的状况就需要去医院进行检查治疗，放松心情，定期检查。
发现早孕后，有计划妊娠的可以做血HCG和孕酮检测，并通过动态观察监测妊囊的发育状态。在停经5-6周的时候做超声检查排除宫外孕。如果选择人工流产应在怀孕49天左右进行。
早期孕酮较低时，可导致先兆流产征象，如无其它特别不舒服的征象，应注意休息、忌疲劳、勿久站、勿多走等。
孕前3个月对胎儿发育至关重要，可补充叶酸日预防胎儿神经管畸形、强化营养、增强体质、不随便用某些活血化瘀药。可根据个人体质，酌情选择是否需服用某些保胎药。患者需要注意的是，在平时应当注意保持充足的休息，避免过度劳累。
宫内早孕就是子宫内的早期怀孕，也就是三个月之内的怀孕。如果不想继续妊娠，49天之内可以做药物流产。40天到55天之间是最佳的人工流产时期，不过70天之内都可以做人工流产。人工流产有无痛人工流产和普通人工流产。