并非所有卵巢囊肿都需要进行手术治疗，一般只有较为严重的肿瘤可以进行囊肿切除术、卵巢切除术等方式进行治疗。
卵巢囊肿较轻时一般不用进行手术，主要是因为手术后容易复发，但如果症状较为严重，持续存在超过3个月，同时体积较大，或是生长速度较快。患者可以在医生指导下采用卵巢囊肿切除术，进行治疗。如果囊肿有恶变倾向，还需进行卵巢切除术或者附件切除术等方式进行治疗。
腔镜微创手术治疗，一般在手术以后需要休息2-3周左右的，在近期工作时，也不要过度劳累，注意休息，不要受凉。另外在恢复期间，一定要加强营养，不要食用生冷辛辣刺激性食物，定期去医院复查恢复的情况，不能进行剧烈的运动。
宫腹腔镜微创技术是目前治疗卵巢囊肿最先进的治疗方法，该技术只需在腹部打开3个3毫米左右的小孔，在可视条件下进行手术操作，代替了传统方法在腹部留下的十几厘米长的巨大创口，大大减少了痛苦，能满足女性对美观的要求。进行宫腹腔镜技术治疗后的3-5天内即可出院，且不影响生理功能。
卵巢囊肿手术建议选择腹腔镜微创手术就可以的，所以先安排彩超来看一下囊肿的大小等，预约手术的时间，在月经干净后积极进行手术是安全的，但是不要吃辛辣的食物，在手术后预防贫血和感染。
卵巢囊肿的体积在超过5个厘米以上，一般才考虑手术，如果目前没有任何的症状，也可以暂时先观察。切除卵巢囊肿对女性的身体健康影响不是太大。具体的还要根据卵巢囊肿的性质再来综合确定。
孕期发现卵巢囊肿可以用消炎药来进行治疗。
如果症状不是很严重，可以先不用治疗。但如果出现腹痛的情况，可以应用消炎药，比如头孢一类，青霉素一类，这是孕期相对安全的药物，用药之后，如果症状逐渐缓解消失，那就定期观察。孕期如若出现良性囊肿合并出血、蒂扭转、破裂或怀疑为恶性，不论在妊娠的任何时期都应积极进行手术治疗，以免延误病情。
