肾囊肿主要采取保守和手术的方法治疗，不必采取刻意的治疗，只要定期随访观察就行。结石药物治疗应选用脲酶抑制剂，有控制结石长大的作用。非药物治疗包括体外冲击波碎石，是通过X线或超声定位，利用高能冲击波聚焦于结石，裂解结石，使其随尿液排出体外。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
肾囊肿可单发或者多发，常见于男性，可压迫血管或者引发尿路梗阻出现病症，可有腰腹背部间歇性钝痛，继发感染可出现尿频尿急等症，B超，ct检查可诊断，手术治疗是有效办法。就诊肾脏外科检查治疗，适当补充高纤维、高维素食物，多吃新鲜蔬果，忌饮酒，少吃辛辣、油炸食品。
右肾囊肿可以使用手术来治疗的，是可以治好的。肾囊肿是成年人肾脏最常见的一种结构异常，单纯肾囊肿一般没有症状，可以不用治疗。只有当囊肿压迫引起血管闭塞或尿路梗阻时可出现相应表现。
可以通过服用利水渗湿祛湿的药物来治疗，如果肾囊肿比较小是可以起到一定的效果的。中医认为本病多是由于肾精不足、痰瘀阻滞、脉络不畅所致。平时饮食宜清淡，注意防寒保暖，避免过度劳累。
