巧克力囊肿做腹腔镜手术是不会疼的，因为在手术中会用到全麻，病人会在麻醉结束后昏迷。
手术完成后，患者可能会出现小腹的疼痛和不适，这是因为麻醉药物药力会逐渐减弱，直至消失，但这种不适症状通常在术后24小时能够自行消失。做手术之后一定要卧床休息,不要做剧烈的运动,还要注意腹部保暖,避免着凉，饮食以清淡、营养为主。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。需进行手术治疗，术后出现卵巢早衰会引起潮热，失眠，脾气暴躁等不适症状。
麻醉成功之后，会在肚脐以及肚脐的两周，总共切4个小的刀口。然后将所有的器械都进入到盆腔观察情况，找到巧克力囊肿，将其提起。先进行穿刺，将囊肿里面的液体引流，再将囊肿里面血液冲刷，之后进行巧克力囊肿的剥离。剥离之后再进行缝合和止血。缝合结束之后需要进行盆腔的冲洗。再检查盆腔内没有异常出血，将器械撤出，手术就结束了。
单侧巧囊肿会影响怀孕，但不会导致不孕，所以单侧的巧囊仍然是有自然受孕的可能的，除了看巧囊是单侧卵巢还是双侧卵巢，还需要看巧囊的大小，巧囊越大，对怀孕的影响可能越大，巧囊越小，对怀孕的影响会越小。
两边都有聪明的囊肿。如果卵子正常，排卵正常，可以自然受孕。如果有双侧巧克力囊肿并且长期未怀孕，做腹腔镜治疗。腹腔可以疏通输卵管，治疗囊肿，二级以上公立医院都有腹腔镜检查，治疗效果良好。可以通过手术治好，也可以有孩子。
