一般来说，宝宝肠炎的治疗要按引起病因的不同，治疗方法不一样。
1.真菌性肠炎，多见于早产儿、体质虚弱的宝宝，大便表现为豆腐渣样大便，所以宝宝肠炎的治疗，要制霉菌素进行抗真菌治疗。
2.宝宝肠炎可能是饮食不洁引起的，容易被大肠杆菌感染，可以吃阿莫西林或蒙脱石散，具有抗感染、止泻等作用。
注意休息，饮食以清淡、易消化为主，尽量不吃辛辣刺激性食物
如婴儿患急性肠炎时，可适当使用抗生素或吃些对胃粘膜有防护作用的药。
急性肠炎可因细菌及毒素感染或物理化学因素如暴饮暴食或吃不洁食物所致。从临床表现来看已经以恶心、呕吐、腹泻为主要表现，并可伴发腹痛、发热。急性肠炎通常在夏，秋两季较为常见。
如果是岁数比较小的宝宝，药物治疗有一定局限性，建议通过日常调理来改善，如果病情严重，则采取药效温和的药物治疗。
假如是诊断是肠炎的情况下，可以选择肛门给药，之后再考虑口服，因为有时肠炎严重的情况下有可能造成肠道吸收不良，所以会是药物起不到应有作用，另外要多饮白水，不能使他脱水，如果严重那样就要打点滴了。
一般情况下，宝宝霉菌性肠炎，可以通过以下几种方式进行治疗。具体情况分析如下：
1.需要进行相应的辅助处理，如果是霉菌性肠炎，会导致大便的数量增加，导致体内的脱水和电解质出现问题，需要通过服用补液盐来进行补充。
2.还可以服用益生菌，比如霉菌性肠炎，主要是由肠道菌群失调所致，可以使用益生菌进行调理。
3.还可以口服氟康唑，这类药物主要用于治疗霉菌，具有一定的抑菌效果。
一般情况下，宝宝肠炎发烧，需要根据病情原因来进行治疗，具体分析如下：
肠子感染造成的炎症反应，如果体温没有高于38.5度，说明孩子的心理状况良好，可以考虑用原发性肠炎进行治疗。要针对具体的病情选用适当的抗生素进行抗感染的处理。感染得到了有效的控制，身体的温度也会恢复到正常水平，但是如果孩子的情绪很差，或是因为肠道炎引起的腹泻，出现了大量的腹泻，那么要注意调节体温及时输液，避免出现脱水和高温惊厥的情况。
