睾丸引带异常或缺：胎儿将睾丸引入阴囊的睾丸引带异常或缺如，至使睾丸不能由原来的位置降至阴囊，导致隐睾。先天性睾丸发育不全：先天性睾丸发育不全使睾丸对促性腺激素不敏感，失去了下降的动力，也能够造成隐睾。激素缺乏：下丘脑产生的黄体生成素释放激素使脑下垂体分泌的LH和卵泡刺激素FSH缺乏，亦可影响睾丸下降的动力作用。
隐睾是一种先天的畸形，是先天发育的时候，由于睾丸无法正常下降进入阴囊所引起的。这个病要在两周岁以内手术治疗，这样才可以恢复以后睾丸的生精功能以及雄性激素的分泌，如果年龄超过两岁，那也需要考虑手术治疗，不然有可能会引起睾丸癌变。
对于包皮包茎的问题，是需要考虑尽快的手术处理一下的，只有这样才可以解决问题的。手术是一个不错的选择，虽然是小手术，但是也是需要找个有经验的医生。包皮包茎的确是容易出现龟头方面的病变，也是会影响到正常的性功能的，这本身对于阴茎的发育也是会造成一定的不良影响的，这一点要清楚明白的。
引发阴茎短小的常见原因阴茎的大小与其营养也有关系，体格健壮，身材高大的男性，阴茎的发育情况比较好，阴茎会显的粗大。生殖器在勃起后10厘米左右都是属于正常的情况。可以多注意观察，平时多注意个人卫生，勤换内衣都是可以进行改善的。
促性腺激素分泌不足的性腺功能减退。脑组织结构异常：无脑畸形患儿无下丘脑分泌功能，即使脑垂体发育正常，由于无促性腺激素释放激素，致使睾酮分泌少，造成小阴茎。先天性脑垂体不发育，部分脑胼胝体发育不良导致的下丘脑功能障碍，枕部脑膨出伴运动失调的小脑畸形等脑中线发育基因异常。均因促性腺激素分泌不足而引起小阴茎。此外还导致其他系统的多发畸形。
阴茎短小就会造成包皮包茎，还会引起是龟头炎、前列腺炎等慢性疾病。阴茎短小不但直接影响性生活的质量，甚至诱发家庭关系的破裂。如果关于短小建议到医院就诊。
