进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
长期咳嗽需要做一下血常规的检查，C-反应蛋白以及支原体抗体的检查。如果血常规中有白细胞的升高伴随着C-反应蛋白的增高，往往是细菌性的感染导致的咳嗽。如果是单纯的C-反应蛋白的增高，往往是病毒性的感染导致的咳嗽。如果伴随着支原体抗体的阳性，就是感染了肺炎支原体导致的咳嗽的发生。
检查前一天晚上服用轻泻剂，检查当日要进行肠道清洁准备工作，检查前换上无菌检查裤。检查时，先取左侧卧位，腹部放松，并曲膝。然后，听从指挥，按要求转动更换体位。肛肠镜检查无痛苦因为镜身柔软，不会刺激肠道产生痛苦。
肛肠检查有常见的有肛门视诊是肛肠检查的第一步。直肠指诊，可以触摸观察是否有直肠息肉、直肠腺瘤甚至一些位置比较低的直肠恶性肿瘤。还有置入肛门镜检查，肛门镜检查可以明确地观察直肠粘膜是否有感染，是否局部存在裂口。
检查头部一般是做头部的影像学检查和电生理方面的检查，根据患者的病情不同而选择不同的检查方案。如患者出现头痛，头晕，肢体麻木、无力，可以做头部的CT、磁共振以及脑造影检查。
