持续性房颤的治疗涉及到其病因的治疗。与甲状腺功能亢进一样，甲状腺功能亢进可引起持续性房颤，因此治疗甲状腺功能亢进有助于持续性房颤的治疗。控制心室率，重建窦性心率，预防栓塞。由于地高辛能增加房室传导的延迟和阻滞，故通常可通过地高辛控制心室率。例如，独自地高辛不够有效。维拉帕米(维必定)最有效。
心房颤动最常见的并发症通常是栓塞。
心房颤动最常见的并发症就是栓塞，尤其是脑动脉栓塞。心房颤动的发病率在2%-6%之间，而房颤的病人有75%概率出现脑动脉栓塞。此外，在心房颤动的影响下，病人也可能出现周围动脉栓塞的情况，80%周围动脉栓塞患者会有心房颤动，因为房颤病人的心脏附壁上的血栓脱落，血液会随着血管内的血液流向周围的血管而发生栓塞。因此，出现心房颤动后要及时治疗，以免发生并发症。病人平时要多休息，要保持心情稳定，不要过度劳累。
48小时内心房颤动可以直接复率，否则需要前三后四周的抗凝治疗，房颤治疗主要是控制心室率，复率，预防并发症三种，房颤发病和高血压，冠心病，瓣膜病，甲亢有关系。可以到心内科诊治，注意休息劳逸结合，避免焦虑，戒烟酒，避免刺激性食物。
心房颤动治疗强调长期综合管理，即在治疗原发疾病和诱发因素的基础上，积极预防血栓栓塞、转复并维持窦性心律及控制心室率，医生会根据病因、临床症状不同等给予药物、手术或者射频消融治疗等不同的治疗方案。
对于已不适合药物转复或药物及电复律转复失败的老年患者，治疗目的则是控制心室率。目前常用药物有洋地黄、β受体阻断药、钙通道阻断药、胺碘酮等。中医药对房颤的主要干预手段有药物治疗、针灸疗法等，例如参附注射液，温补心阳，安神定悸。用于心阳不振所造成的心慌不安、胸闷气短。
有的心房颤动能根治，如孤立性房颤、阵发性心房颤动等，对此种情况可先考虑转复，转成窦性心律后，若日后不再发作，则算根治。
如转复失败，亦可行射频消融术（RFA）.射频消融术成功率可达甚至更高，获得成功后亦等于痊愈，但对持续性心房颤动（房颤），和永久性心房颤动（房颤），则难以根治，通常仅采用控制心室率和抗凝等方法。
