生理因素是由于婴儿的肠道功能尚不完善，所以有些婴儿会出现胶状粘液大便。父母喂养婴儿的含淀粉食物，如过浓的奶粉、不适当的奶粉、奶粉中添加的糖、太冷的牛奶或过早添加的米浆等，很容易导致婴儿食物堆积，从而导致粪便中出现胶状粘液。
如果长期拉肚子，出现透明粘液，可能是慢性肠炎或者结肠炎引起的肠黏膜脱落，可能形成透明样粘液便。如果是慢性结肠炎，可以在医生指导下口服美沙拉嗪或者是中药补脾益肠丸进行治。如果炎症感染严重，出现大便次数增多，可配合蒙脱石散进行治疗。日常生活中要注意饮食清淡，不吃生冷刺激的食物，减少对身体的刺激，通常能够缓解临床症状。
一般情况下，孕晚期流出果冻状分泌物可能是以下原因导致的：
孕晚期流出果冻状分泌物，这是孕妇即将分娩的表现。流出果冻状分泌物是因为子宫下段与宫颈之间的膨胀，使得宫腔内的毛细血管破裂，同时宫颈中的液体也会随着宫颈中的液体一起排出来，从而形成了一种类似于胶状体的分泌物。通常称为“见红”。出现红色的情况下，长期不生产会导致胎儿出现子宫内缺氧，影响到胎儿的生命。
婴儿大便有果冻状黏液是由于宝宝消化功能不好，在进食之后不能够很好的进行消化，肠粘膜分泌过多粘液和食物之间相互发生反应，有可能就会出现果冻状粘液大便。
可能是肠道炎症引起的，如溃疡性结肠炎，痢疾，肠道肿瘤，慢性结肠炎，如果肠道表面有溃疡或炎症等病变，反复发作后，就会产生透明粘液或脓血，并随大便排出，应及时做电子肠镜、便常规的检查，以明确诊断。
婴儿免疫功能差，尤其是肠道的免疫能力就更低，当肠道感染时，没有能力去减弱和中和细菌的毒力。给婴儿喂食的奶粉过浓、奶粉不适合、奶粉中加糖、奶液过凉或过早添加米糊等淀粉类食物，都会容易导致宝宝积食，从而引起大便果冻状粘液。
