疱疹性咽峡炎的疱疹只在口腔内部，这是与手足口病的最大不同。而手足口病的儿童，大部分都是从喉咙开始出现疱疹，然后发展到四肢和四肢，很少会出现在四肢和背部，并伴有发热。
皮疹通常是米粒或绿豆大小，皮疹周围有红的灰色小疱疹或红色丘疹，不痛不痒，也不会结痂。另外，咽峡炎除了有细菌感染外，一般不会有脑炎等并发症。少数儿童患有手足口病，可造成心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜炎等并发症，尤其是重症儿童，病情进展迅速会造成死亡。
小儿患上疱疹性咽峡炎是有可能演变成手足口病的，主要原因，它们二者同发于夏秋季节，致病的病毒也相同，同为肠道病毒导致，如果疱疹性咽峡炎的孩子机体免疫力偏低时，是容易转变成手足口病的。
手足口病和疱疹性咽峡炎在早期有相似的症状，在中后期会有明显的区别。手足口病早期会出现发烧，持续两三天以后首先咽部或者口周会出现疱疹，紧接着皮肤尤其是在手心、脚心、肛门周围的部位会出现疱疹，可以明确的诊断。而疱疹性咽峡炎发烧一两天以后，仅限于咽喉部位出现红色的点状的滤泡性的疱疹，伴有咽部的疼痛，影响喝水或者吃饭，婴幼儿可能会出现流涎，拒食。
疱疹性咽炎容易产生咽喉部异物，手足口病是由肠道病毒感染引起的传染性的疾病，会在手足心和手掌心出现水泡的症状，不会产生小红点，还会容易产生体温升高，可以采用口服抗病毒的药物来进行用药治疗。
疱疹性咽峡炎与手足口病是有一定的区别，主要的原因区别就是，致病的病毒并不是同一种，疱疹性咽峡炎只是累及口腔黏膜，但是手足口病可以累及到手部以及足部，但是都是由于病毒感染导致的，治疗原则基本差不多。虽然疱疹性咽峡炎和手足口病有很大的区别，而且两者的症状严重程度也不是特别相同，但是都是要采取应用抗病毒的药物进行治疗。
