先天性甲状腺功能减退症没有特异性方式治疗，此类疾病常常是有基因缺陷的情况，疾病需要尽早选择药物维持治疗，积极改善甲状腺功能状况正常，避免出现影响神经系统发育。建议，临床疾病应该是一种先天性功能缺陷，临床疾病需要听取经治医生的建议治疗，临床疾病治疗时机很重要，尽量早期选择药物治疗。
一般来说，甲状腺功能减低的主要治疗方案，具体分析如下：
早期轻型甲状腺功能减低患者口服甲状腺片，中、晚期的甲状腺功能减低的重症患者，除了口服甲状腺素片以外，需要对症给氧，输液，控制感染治疗等。
应该注意休息，早睡早起，不要进行重体力劳动，避免剧烈运动，同时保持愉悦的心情，以清淡、易消化的饮食为主，保持良好的饮食习惯和睡眠习惯，少吃零食、速食，有利于身体的恢复。
先天性甲状腺功能低下症大多数是由于孕妇缺碘而导致的新生儿疾病，同时也是造成小儿智力严重受损的主要原因之一。对先天性甲低的治疗原则是早发现早治疗，如果发现了小儿的多睡少动、体温低、食量较少、以及黏液性水肿等特殊面容的出现，要在第一时间进行甲状腺功能的检查，采用甲状腺激素代替补充法，预后是非常好的。
女儿患有先天性腮瘘通常应及时进行治疗。
先天性腮瘘是由于胎儿在发育过程中咽喉部导管没有闭合。由于伤口裸露在外面，容易发炎、化脓，长期以往很可能导致恶变，只有手术才能解决问题。如果是腮瘘，需要做碘油造影，或者用造影剂注射造影剂，做X线或CT检查，看看鳃裂囊肿有没有内瘘。一般情况下，鳃裂囊肿是有瘘管的，有外瘘的，也有内瘘的。在做手术之前，必须先确定有没有外瘘或者内瘘。术中应沿囊肿包膜切除囊肿，同时切除瘘管，封闭瘘口。
新生儿甲状腺功能低下，一般是母亲在怀孕期间发生了亚临床甲减导致，还有就是新生儿有先天性的甲状腺疾病。如果数值持续维持高水平或升高，必须甲状腺素替代治疗。三个月之前，早发现，早治疗，可以避免发生呆小症。
小儿先天性甲状腺功能低下，这个应该及早采血做化验t3，t4和tsh。一旦确诊有甲低，应该早诊断，早治疗。新生儿疾病筛查诊断的先天性甲低治疗剂量应该一次足量。目前临床上治疗先天性甲低的办法还是有的。所以要马上接受治疗，不然可能会影响到孩子的以后发展。
