治疗肛瘘炎最佳方法是手术治疗，术后配合药物和一般治疗。手术治疗的具体方法有挂线疗法、瘘切开术、主灶切开对口引流法、瘘切除术、瘘切除术一期缝合术等治疗方法，具体选择是根据肛瘘内口位置、瘘的走向、瘘的深度等，综合评定后选择手术方式。
肛窦炎的病人可以肛门指诊检查、肛门镜检查等检查的结果进行相应额打确诊。如果病人是症状轻微的是可以采取药物治疗、坐浴的方式进行保守治疗。在病情恶化时，病人可以采取切除术、切开术等手术治疗。
肛窦炎主要症状表现在常有肛内轻微隐痛坠胀或不适感或肛腺分泌减少，肛管干涩、排便不畅等。急性发作期常有排便疼痛、分泌物多、手纸偶然带脓血、烧灼不适肛门坠胀等。如果肛门括约肌受炎性刺激可引起括约肌轻度或中度痉挛性收缩，常有短时间阵发性钝痛或疼痛持续数小时。
治好肛窦炎可以温盐水坐浴局部，使局部保持清洁，同时可口服抗生素，肛窦炎经药物治疗无效，或肛窦内已成脓肿，或并有肛乳头肥大和隐性瘘管的病人，宜采用手术洽疗。
对鼻窦炎进行外科治疗。该手术方法可完全治肛窦炎。只要精心护理，预后效果是比较理想的。目前，许多大型医院都开展微创手术，但鼻窦炎症也可以是微创手术。微创手术具有创伤小、恢复快的优点。
