如果患者患有卵巢囊肿期间，出现了月经不调的情况，需要根据患者的实际情况进行用药。导致月经不调的原因有很多，中可能是身体虚弱、气血亏虚、饮食不当等因素导致的，可以遵医嘱选择乌鸡白凤丸进行调理，可以改善月经不调，有较好的效果。
如果是肝气郁结导致的月经不调，可以在医生的指导下选择逍遥丸，能够使病情好转。
功能性月经不调可以在医生的指导下用中药治疗。
女性经络失调，在用药时要结合具体的病情，选择健脾、补肾、疏肝等中药。中医治疗是治疗非器官损害所致的经期失调的有效方法。女性的内分泌失调、精神压力过大、营养不良、节食等都会导致女性出现功能性月经失调的症状，如果排除精神或饮食方面的原因，再配合中医的治疗，会有很好的疗效。
女性经量增多、月经周期延长、月经周期不正常时，可以通过服用孕激素、雌激素、短效避孕药等来止血、调节月经周期。
如果有生育要求的需要进行促排卵药物的治疗，帮助患者正常怀孕。目前使用的有氯米芬，促性腺激素等。无生育要求者可尝试放置曼月乐宫内节育器，有生育要求者可积极予辅助生殖助孕治疗。出血量大且药物治疗无效者可采用刮宫术止血。
女性月经不调可以通过服用雌激素来进行调理，从而促进女性的正常生理活动，从而促进女性的正常生理活动。
放射疗法是利用低剂量X线对垂体及卵巢进行放射治疗，能改善大部分患者的经期，并能使其恢复到正常状态，并能怀孕。中药的治疗要区分不同的种类，根据不同的情况来进行相应的处理，在中医里，女性的月经不调可以分成血虚型、血寒型、虚寒型、气滞型，根据不同的情况，可以通过中药的辨证施治，比如八珍汤、红花逍遥汤、归肾汤等。
如果患者出现月经不调的情况，可以适当选择中药来泡脚，通常可以选择生姜、艾叶或者红花进行泡脚，能够较好调理月经，起到舒筋活血、通络的作用，而且患者适当泡脚后也能够缓解身体的疲劳状态，对于增强人体的免疫能力、恢复体质等方面有很好的帮助。但是如果患者是顽固的月经不调，或是其他病变导致的月经不调，可能只是单纯使用这种保守的方法进行治疗，效果并不太理想，患者需要根据具体的情况来进行对症治疗。
