口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
孕期口腔溃疡需要通过局部治疗、日常护理等方式来治疗。
怀孕期间有口腔溃疡需要进行局部的治疗，同时需要在口腔科或者妇科专家的帮助下进行局部的用药，避免自行服用，导致自身和胎儿都出现异常。可以用生理盐水，不会造成任何的伤害，可以用来漱口，可以购买0.9%的生理盐水涂抹在口腔的创面，也可以用95%的乙醇来治疗，不过要在医师的指导下进行。
平时要吃蔬菜水果补充维生素，提高免疫力，可有效的减少口腔溃疡的发生。反复发生了口腔溃疡，可以适当的应用激素类药物进行治疗，平时不要吃辛辣刺激的食物。口腔溃疡的发生主要是与免疫力低下，维生素缺乏感染有关。
口腔溃疡属于一种病因不明的疾病，临床口腔溃疡由于病因不明，治疗的方案就是对症治疗。口腔溃疡临床治疗没有什么特效的疗效，一般七天左右可以自愈。补充维生素对口腔溃疡愈合有很大的帮助。
口腔溃疡的治疗，主要是去除病因、增强体质、对症治疗。首先应该去除口腔内的不良刺激因素，比如残冠、残根、不良修复体、不良正畸等，同时戒烟限酒，不要吃辛辣刺激性的食物。其次多吃水果、蔬菜，多吃高蛋白的食物，补充机体所需要的营养及维生素。进行适当的体育锻炼，保持愉悦心情。口腔溃疡的局部保持清洁。
疱疹性口腔溃疡是由疱疹破溃以后而形成的，是由病毒感染引起的，建议可以服用抗病毒药物，同时配合外用喷剂喷敷患处，效果不错，一般五天左右即可痊愈。治疗期间应多饮水，宜清淡流质饮食，避免生冷、坚硬食物。