如何正确处理环磷酰胺，有赖于严格掌握适应症，严密观察各种毒副作用。环磷酰胺(CTX)在结缔组织病如狼疮性肾炎、系统性血管炎的治疗中作用显著，但要注意监测毒副作用。
一般服用3-5周，主要用于治疗白血病或者实体瘤，由于环磷酰胺在体内会干扰人体内DNA以及RNA的功能，其主要副作用是抑制骨髓，产生呕吐，脱发，膀胱炎或水中毒。所以在使用环磷酰胺时要多喝水，不可长期服用。
环磷酰胺一种抗肿瘤药，也可以作为免疫抑制剂，用来治疗风湿，肾病等。不过这种药是辅助治疗，主要的目的是控制肾病所引起的水肿，或者是有血压增高的现象，同时也可以防止感染性质。
环磷酰胺是一种免疫抑制剂，可以用于治疗多种自身免疫性疾病，如血管炎，类风湿性关节炎，系统性红斑狼疮，原发性肾病综合征等环磷酰胺属于烷化剂，他的免疫抑制程度与剂量和疗程有关，环磷酰可以减少T细胞和b细胞，从而抑制细胞和体液免疫，来达到治疗效果。
环磷酰胺治肾病有着非常好的效果。但是，由于环磷酰胺的副作用比较大，容易出现血液系统的抑制，还有性腺抑制，所以，对于育龄期的女性、青春期的男性，不要作为常规的首选。
环磷酰胺主要的副作用是骨髓抑制，包括会出现恶心、呕吐，也有可能会出现出血性的膀胱炎，产生水中毒，也包括生殖系统的毒性，也会发生继发性的肿瘤、脱发、消化道反应、口腔炎等。所以，不要盲目的自行用药。
