支原体感染不治疗可能会使疾病进一步加重，严重者可能会出现并发症。如果男性被查出支原体感染，主要是非淋菌性尿道炎，常常表现为尿道瘙痒、烧灼感、排尿困难，少数可有尿频，尿道轻度肿胀、分泌物稀薄，部分患者可无症状。如果女性被感染上支原体可能会出现白带增多、盆腔炎引起的尿道灼痛或输卵管炎等。因此患者要做到早发现早治疗，避免病情恶化，给治疗造成复杂性。
目前，支原体感染的常用药物为阿奇霉素和红霉素。
支原体为病原微生物，长期接触抗生素，对抗生素有躲避及耐药现象，一但耐药发生，红霉素、阿奇霉素目前没有效果。因此，细菌与抗菌药发生了争斗，需要长时间服药，再用效果极有可能。
若确诊为支原体感染，症状明显者，药物优选阿奇霉素，或者红霉素，如大环内酯类。若服药效果不佳，可选用左氧氟沙星或四环素类等。
小朋友第一次感染过支原体后，就会产生抗体，抗体退需要时间，短的可能有6个月，长的甚至要1到2年才会消退，所以在该时间段如果复查支原体抗体总是阳性，但阳性也只能表示抗体阳性，可能是感染过支原体但并不意味着这次咳嗽又是支原体感染，还需要去儿童专科。
支原体感染进一步导致前列腺炎。有必要使用药物及时控制支原体感染进行治疗。注意清洁和卫生，少吃辛辣和刺激性的东西。支原体药敏试验可观察表现进行，以确定诊断。抗炎药物可以根据一段时间内的药物敏感性试验来选择治疗。
在治疗上首先需要进行抗感染治疗，肺炎支原体感染在临床上是一种比较常见的感染情况，病因一般不清楚，多数与患者的抵抗力出现下降或者身体受凉，导致肺部支原体感染。它的症状主要表现为发烧、胸部疼痛、咳嗽、痰多等。
