子宫囊肿一般不会引起月经不调。子宫囊肿并不是妇产科学所涉及的专业术语，通常所说的子宫囊肿多是指宫颈囊肿，是慢性宫颈炎的一种，是常见的一种妇科疾病，通常是炎症堵塞了宫颈腺体，造成腺体分泌物潴留出现的囊肿，这种情况不会影响到内分泌，因此不会影响月经。一般情况下，如果出现月经紊乱，可能与子宫肌瘤或者附件区囊肿等因素有关，日常作息不规律、压力大、情绪波动大等非疾病因素，也可能会影响到内分泌，从而引起月经紊乱。
宫颈囊肿和子宫囊肿是不同的，子宫囊肿在宫腔内，宫颈囊肿在宫颈处，小的囊肿只要是没有增长，也不引起出血，就不要紧的，应该经常复查B超观察，只要是增长快，或引起出血淋漓不断，就应该手术治疗，用宫腔镜就可以检查，也可以治疗。
如果患者患有卵巢囊肿期间，出现了月经不调的情况，需要根据患者的实际情况进行用药。导致月经不调的原因有很多，中可能是身体虚弱、气血亏虚、饮食不当等因素导致的，可以遵医嘱选择乌鸡白凤丸进行调理，可以改善月经不调，有较好的效果。
如果是肝气郁结导致的月经不调，可以在医生的指导下选择逍遥丸，能够使病情好转。
妇科做子宫附件的彩超，诊断性刮宫，阴道镜，血常规等检查，明确月经不干净的原因，针对性治疗。月经不调多进食高蛋白的食物如瘦肉、鱼、虾。调节月经不调女性患者的心情。
卵巢囊肿大于五厘米就容易发生扭转，破裂或者感染。所以如果大于五厘米，这个情况即使手术治疗。如果是比较小的卵巢囊肿，可以先观察，也可以调理，定期做B超复查。如果月经干净以后复查卵巢囊肿消失了，可能就是生理性的黄体囊肿，就不用治疗了。
患有卵巢囊肿也可能导致月经不调，因为月经是由雌激素和孕酮的相互作用和相互调节来维持的。雌激素和黄体酮主要由卵巢分泌，所以当卵巢有囊肿，特别是相对较大的囊肿时，可能会影响激素分泌，从而导致月经不调。