扁桃体手术禁忌症如下，急性扁桃体发作时，一般不施行手术，需炎症消退后3-4周方可手术。血液病，高血压，代偿机能不全的心脏病，活动性肺结核等均不宜手术。风湿热及肾炎等全身症状未控制时不宜手术。脊髓灰白质炎及流感，妇女月经期暂时不宜手术。
是否在切除扁桃体，要看扁桃体的具体情况。对于小儿来说免疫能力还没有健全，因此扁桃体是重要的免疫器官，不能轻易切除的。但是当孩子到10周岁以上免疫能力基本健全，从那以后扁桃体发炎会很少。
小儿推拿对治疗扁桃体炎有一定的辅助作用。
临床上推拿按摩以上的部位，对扁桃体炎症可能有一定的缓解作用。临床上主要是推拿少商穴5次，揉天突穴3分钟，清肺经、清大肠经300次，揉合谷穴3分钟，清天河水穴300次，揉扁桃体外方的位置3分钟左右。临床上推拿治疗扁桃体炎只是作为辅助的办法，不能作为主要的治疗办法。如果是严重的扁桃体炎，建议去正规的医院进行全身综合的治疗。
扁桃体切除后可能会留瘢痕，建议患者积极治疗，具体分析如下：
手术创面的局部是可能会留有瘢痕的。少数病人在做完手术后，会感觉到两侧扁桃体窝区域的紧张和牵拉感，一般会随着时间的推移而逐渐消失。一般来讲，扁桃体慢性炎症的情况比较严重，或者是扁桃体反复发炎的次数比较多，术后疤痕也比较明显。建议患者及早发现及早治疗。
儿童扁桃体切除手术可能伴随部分并发症，如术后创面的出血、疼痛或创面感染导致的发热。但任何一种并发症都在医学可控的范围内，均有合适的方法与手段予以解决。若患儿的扁桃体符合扁桃体手术切除的指征，如扁桃体过于肥大导致吞咽障碍、呼吸障碍或反复炎症，导致患儿免疫力无法正常建立。
先切除扁桃体后再切除腺样体，同时在做腺样体切除手术时观察扁桃体窝的渗血情况以便及时处理。对于单纯扁桃体肥大、较少发炎的患儿可以采用低温等离子射频切除。对于反复发炎、粘连较重，或者肥胖咽腔狭小明显的患儿传统剥离手术效果更好。
