一般来说羊膜腔穿刺术是存在风险的，只是风险不大。
首先穿刺的难度是会因人而异的，所以风险也会不同与胎盘的位置、胎儿的体位以及穿刺部位的羊水量有相应的关系。穿刺术是有可能会导致子宫感染或者是流产的情况出现的，所以在进行羊腔膜穿刺术最好选择公立的正规医院，在术后是需要孕妇卧床休息的。在孕期最好是定期的进行孕检，以保证胎儿的正常发育。
羊膜腔穿刺术存在感染的风险，羊膜腔穿刺术属于产科侵入性操作，有可能会引起宫腔感染，还存在胎膜早破的风险，进行穿刺术需要穿过羊膜，进入羊膜腔以内，这样会造成羊水外漏，引起胎膜早破。
做羊膜腔穿刺术会伤胎儿。做羊膜腔穿刺术有一定的概率会损伤月齐带、胎盘、胎儿偶可发生脐带或胎盘血肿，或刺伤胎儿引起出血。若穿刺出血性羊水，应鉴别来自母体亦或胎儿，注意监测胎心，所以还是不要轻易手术。
人体凝血功能是否正常，是否有出血的情况主要有三方面因素决定的，血小板的数量和功能。血管壁的完整性。凝血因子是否正常。血常规中只能通过观察血小板数量是否正常，来粗略判断凝血功能是否正常。血管壁的完整性主要是通过出血试验，以及毛细血管脆性试验来检查。凝血因子是否正常，主要通过凝血六项来检查的。
孕妇排空膀胱以后，平卧手术床上，根据怀孕月份的不同，找到具体的穿刺部位，然后消毒铺单子，用穿刺针先刺入羊膜腔内抽取羊水后，再向羊膜腔内注射准备好的药物。注射完毕，可以暂时观察，24-48小时发动宫缩，宫颈口开全以后胎儿胎盘娩出。
凝血功能异常最常见的是血友病A和血友病B，血友病是由于先天的第八因子，或者第九因子缺乏而导致的凝血功能异常。凝血功能异常也常常见于误服鼠药的病人，鼠药的主要作用机理，是抑制维生素K的作用，从而造成凝血因子合成障碍，临床上会表现为凝血功能异常。
