通常来说，先天性黄疸是通过药物治疗的。
体内胆固醇水平明显偏高会导致新生儿出现黄疸，新生儿出现黄疸一般使用益生菌、茵栀黄口服液等药物进行治疗。益生菌可以有效调节儿童的肠道菌群，茵栀黄口服液可以有效的减少胆红素的肝肠循环。药物治疗可以很好地降低新生儿的先天性黄疸水平。如果先天性黄疸使用药物治疗无效，可能还要考虑手术治疗。
可以坐浴，采取手术治疗，以手术修补缺损，消灭薄弱区。脱肛是因直肠前壁、直肠阴道间隔和阴道后壁薄弱，向前突入阴道穹隆，改变了排便时腹内压作用的方向，导致排便过程中出来直肠肛管功能性梗阻，并由此引起排便困难和便秘等症状。
先天性的隐睾也就是睾丸没有完全下降到阴囊内部，对睾丸的发育有一定的影响，也会大大增加睾丸病变的几率，所以需要手术治疗。隐睾的手术方式，常规是隐睾复位固定术。首先要松解患侧的精索，使睾丸能够无张力的置于同侧的阴囊底部。然后将睾丸固定在阴囊底部，防止睾丸扭转和再次回缩。
先天性癫痫一般都是使用药物控制症状的发作的，到医院进行脑电图的检查，根据体质和病情状况来合理的服药，在使用药物治疗的期间，也应当注意带孩子及时进行复查，了解血药浓度状况，尽量避免过量服用药物给孩子带来的伤害。
先天性囊肿的治疗，要看囊肿的具体位置和，如果位置不重要，对人没有影响是不用治疗的。而如果位置比较重要，对人的健康产生影响，可以通过手术切除，所以具体要看囊肿的位置。
