灌肠可以治疗很多疾病，不同疾病选择药物也不同。最常见的是数日未大便，大便干燥，不能排出，可以用开塞露灌肠以助通便。儿科常用的是用疏解退热液灌肠退热。另外溃疡性结肠炎及克罗恩病也可以灌肠，减轻局部炎症。但无论是发烧还是炎性肠病，灌肠都是辅助治疗。还需要口服药物解决根本病因。灌肠一般侧卧位，灌肠后侧侧10分钟。
灌肠对肠粘膜可造成不同程度损伤。
灌肠是将一定量的溶液直接注入直肠结肠，刺激直肠结肠的蠕动而引起排便，但是可引起肠粘膜水肿、易拉肚子，可有腹痛，不过一般是一过性的，不发生肠炎之类的疾病，无法服药，则可考虑灌肠。如果需要长期使用，最好还是要用一次性肛管，因为肛管套在直肠里比较舒服。儿童一般不宜灌肠多使用肛塞药品，肠道黏膜薄弱，完全吸收药品。
一般来说，长期灌肠对人体的危害是有很多的，具体内容如下：
1.长期灌肠对肛门括约肌会有损伤，有可能出现肛门括约肌失调，从而导致大便失禁或排便反射减退。
2.长期灌肠还有可能损害肠道的黏膜，药物洗剂肠道黏膜，容易增加患病的风险。
患者在治疗期间注意清淡、易消化饮食，尽量避免吸烟饮酒，减少高热量、刺激性、生冷食物的摄入。还可适当进行体育锻炼，有助于增强体质。
孩子观察好处就是没有明显的痛苦，用药后吸收也比较快，但是坏处也有的，很可能会导致梗阻或者胃肠道不适的情况，所以应该根据孩子具体的情况来制定合理的治疗方式即可，多休息。
灌肠当月不建议怀孕。
中药灌肠是通过肠黏膜吸收治疗妇科疾病，吸收率是比较好，最好妇科疾病治愈后再备孕。在灌肠三个月以后就可以备孕，因为怀孕早期尤其是前三个月和怀孕的前三个月，任何药物都有可能影响卵子的生长发育和受精着床。在备孕的期间一定要吃叶酸片，预防胎儿神经管畸形。要注意避免劳累，放松心情，居住的室内空气保持清新，还要保持外阴清洁卫生，勤换内裤。
中医灌肠是一种较好的治疗方式，它起效迅速、效果好，而且在一定范围内使用药物的浓度较高，特别适用于局部的肠道炎症，对肺炎、高热、感冒等疾病都有较好的疗效。中草药灌肠的时间与病情、发病时间等有关，如果出现了发热的症状，一至三日即可恢复正常，至于慢性结肠炎等，则需要一段时间的治疗，通常要持续二至四个星期。
