巧克力囊肿的治疗方法可采用药物或手术治疗。除了手术外，尚无一种理想的方法。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病的处理方法。饮食要多注意一点，不要吃辛辣食物。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位造成的，多有人流史或者剖宫产史，没有性生活的女性也有可能是经血逆流造成的。可引起进行性痛经和不孕，治疗主要是手术剔除，术后容易复发。
巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。
导致巧克力囊肿最严重的原因有：一，生理原因：女性的子宫内膜在正常的情况下面是在宫腔之中生长的，生理期的到来，其会剥落之后重新开始增厚生长。随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。内分泌因素：卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
可采用药物或（和）手术治疗（保守性或缓解性）。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的治疗方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率，有生育要求的轻度明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻无生育要求的重症可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
