主要病因有：母亲怀孕早期感染流感病毒、风疹病毒；遗传因素；怀孕期间服用镇静药、抗癫痫药、激素类药或大量接受X线照射等。主要表现为出生后上唇和上颚裂开成两瓣或三瓣，唇裂手术时间为生后3个月。腭裂为生后18个月。
唇腭裂是一种常见的先天性的小儿颌面部的畸形。唇腭裂其实是唇裂和腭裂的统称。那么唇裂就是常说的兔唇，就是上唇裂开，腭裂实质是上颌骨、口腔和鼻腔的隔断有一个裂隙。唇腭裂患儿出生以后需要进行序列的治疗。
唇腭裂是口腔常见的先天畸形，发病率约为不高。在一个正常的胎儿中，在生命的第五个星期后，几个胚胎突起逐渐融合在一起形成面部，如未能正常发育便可发生畸形，其中包括唇裂。孕妇在怀孕期间应避免偏食，保证维生素B，C，D及钙，铁，磷的充分摄入，保持心境平和，避免精神紧张。
唇腭裂患者后代发生唇腭裂的机会是正常人的3-4倍，孕期接触不良环境也可引起唇腭裂，如孕早期接触放射线、服用感冒药等，由于患儿出生后即可表现出唇部或腭部裂隙、畸形，因此唇腭裂的诊断较为直观。若患儿仅腭部裂隙、畸形，患儿父母无法发现。但是患儿饮水或吸奶时，将发生倒流或呛咳，此时到专业医生处就诊，大多数可以发现。唇腭裂胎儿期，妊娠五个月后，即可诊断出。
唇腭裂是一种先天性发育畸形，是指胎儿在发育过程中，由于受到某种因素的影响，使各胚突的正常发育及融合受到了影响或者阻挠。唇裂的原因是由于上颌突和球状突的融合受到了干扰导致。腭裂的原因是由于中腭突没能和侧腭突相融合导致。
