如果不是很复杂的肛瘘，通过手术就可以恢复。另外外用消肿止痛的中草药进行日坐浴。局部涂抹抗生素软膏。如果急性期可以口服抗生素，对症处理，不要超过一个星期。如果比较复杂，内口不确切的肛瘘有可能会复发，要清淡饮食，不要过多食用辛辣油腻上火的食物，注意局部的卫生。
一般术后几乎不会复发。如果是高位复杂肛瘘，即使到正规机构，由富有经验的肛肠科医生实施手术，仍然有比较高的复发几率。所以，肛瘘术后复发率不能一概而论，要看是低位单纯肛瘘还是高位复杂肛瘘，高位复杂肛瘘术后甚至有50%的复发几率。
一般术后几乎不会复发。如果是高位复杂肛瘘，即使到正规机构，由富有经验的肛肠科医生实施手术，仍然有比较高的复发几率。所以，肛瘘术后复发率不能一概而论，要看是低位单纯肛瘘还是高位复杂肛瘘，高位复杂肛瘘术后甚至有50%的复发几率。
做肛瘘手术需要住院的时间，因人而异，大部分情况下都是在一周左右，出院后还需要在家休养一两周才可以，自己注意饮食结构，需尽量保持营养丰富清淡的，预防便秘，大便之后还需要注意对伤口处进行清创消毒，避免大便刺激伤口。
肛瘘挂线手术是目前治疗肛瘘最有效最常用的方法，手术腰麻下进行，手术过程中是感觉不到疼的，手术操作首先将窦道探明，就是将皮筋从窦道外口穿入，内口穿出，然后经肛门打结，勒紧，术后通过皮筋持续性收缩，逐渐将窦道勒豁，然后窦道从里向外愈合。
