治疗的方法有，发病后4.5小时之内到达医院，确定诊断后可以应用静脉溶栓治疗，给予尿激酶100单位至150单位，静脉溶栓治疗。如果超过4.5小时，在6小时之内可以启动动脉溶栓进行治疗。经股动脉穿刺，将动脉导管放置在脑干血管堵塞处，给予尿激酶溶栓治疗是积极的治疗方法，在溶栓治疗后24小时或者不适合溶栓的病人，应该启动抗血小板治疗。
通常来说，脑干血栓不能恢复好。
脑干是人体的生命中枢，支配着人体的呼吸，心脏，消化等生理功能，而脑干血栓是比较危重的急性病,脑血栓形成损害了脑干,引起了颅神经的变化,引起中枢循环、呼吸的变化,引起了椎体束变化,也就是影响了肢体的运动功能及感觉障碍，还可能会造成严重的肢体功能障碍，而且通常不能恢复好。
脑干的血栓多数比较重，轻者可以出现吞咽功能困难，饮水呛咳等。重者可以出现闭锁综合征表现为意识障碍、四肢活动不能、大小便失禁、失语等，生存质量差，至于能活多久和病人并发症有关，如长期卧床很容易出现并发症，比如坠积性肺炎，下肢静脉血栓，压疮等。这些并发症会影响病人的寿命。所以及时处理预防并处理并发症，可以延长病人的寿命。
一般来说，脑干血栓能不能融掉需要分情况。具体分析如下：
脑干血栓如果发病时间在六小时以内，在医生的指导下及时进行溶栓治疗时，部分脑干血栓可以融掉。但是，也可能出现部分脑干血栓不可以融掉的情况，这时，患者需要在医生的指导下采取进一步的治疗措施。
日常生活中，应当限制饮酒，不宜吃辛辣调味品及喝咖啡、浓茶等刺激食物。可以多吃蔬菜和水果。
脑干血栓是严重的脑梗塞类型。其中大部分是由大脑基底动脉硬化引起的，这很容易导致患者死亡。如果有脑干梗塞的症状，应该及时到正规的医院进行检查和治疗。应加强护理，保持呼吸道通畅。平时要注意清淡饮食，多吃水果蔬菜补充维生素。
