如果是严重的腰椎间盘突出经保守治疗无效，可以选择微创的手术治疗。一般在局部麻醉下进行，通过椎间孔镜直接看见突出的椎间盘，然后把突出的椎间盘做切除，同时取出来减轻对神经的压迫，有助于缓解症状。另外就是臭氧消融手术微创，这个手术主要是在X线透视下，通过仪器达到突出的椎间盘位置，注射臭氧在局部，对突出的椎间盘进行溶解。
腰椎间盘突出的微创治疗开始是透视下定位，小切口取出突出腰椎间盘。目前是椎间盘镜手术，先是透视定位，建立操作通道，然后植入腰椎间盘镜，在直视下分离，显露找到病变并的间盘，经过操作通道取出。椎间盘镜手术微创，创伤小，恢复快，直视下操作，安全有效，已经成为治疗腰椎间盘突出的主要治疗方案，目前是脊柱外科常规手术。
椎间盘突出开刀手术和微创各有优势，互为补充。开刀，视野更清楚，做的更彻底，但创伤大，更可能损伤到神经，血管，微创，创伤小，恢复快，但有可能因为手术视野小而做不彻底，各有利弊。
对于腰椎间盘突出，有一些类型的患者是可以进行微创手术治疗的，这种手术有弊有利。优点有：与常规开放手术相比，脊柱微创手术切口更小，对椎旁肌肉的损伤明显减少，手术创伤小。对符合适应症的患者疗效高于开放手术，患者满意度高，术后患者恢复快，手术出血非常少，不需要输血。手术切口小，更符合患者对美观的要求。疾病复发和再发时更容易补救，甚至可以补救开放手术的问题。缺点：微创手术与标准开放手术相比微创，但并不是危险也小了，医生的学习曲线长，不能完全摘除椎间盘，存在复发可能，过多的破坏骨的结构可能导致术后椎间隙不稳。如果采取了微创手术治疗，手术之后最好严格卧床3-4周的时间，大小便都要在床上解决，不能坐起来，也不能够站立行走。适当进行腰背部的肌肉功能锻炼，在一定程度上可以减少复发的几率。
腰椎间盘突出增生可以进行微创手术。常规的手术方法为椎间孔镜下髓核摘除，术后要做好血常规、凝血功能、肝肾功能等方面的检查。术后5个小时之内要尽量卧床，尽量不要运动，4个星期左右可以适当的下床活动，如果腰部有什么不舒服的地方应该马上休息。术后半年内要注意多休息，避免过度劳累，不能经常弯腰，不能久坐或活动，尽量减少负重。
微创手术治疗腰椎间盘突出，一般在1至2个月内即可痊愈。腰椎间盘突出微创手术后，恢复速度会更快，如果是通过椎间孔镜，可以避免损伤，不会影响到脊椎的稳定性，所以术后4至6个小时，如果没有其他问题，可以在围腰的保护下下床，有些病人在上午完成了手术，下午就可以出院。在回到家后，经过一到两个星期的恢复，就可以回到工作中，开始自己的日常生活。
