对于脑干脑炎的患者，要先确定病因，其次要找到病因，比如病毒脑炎，霉菌性脑炎，细菌性脑炎，寄生虫性脑炎，免疫系统脑炎等。
要做好颅内核磁共振和脑脊液的病理检查和细胞学检测，明确病因，采取降颅压、抗感染、激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，对于脑干脑炎要进行及时的处理，以免导致呼吸、心脏停止、各种并发症的发生。
一般来说，小儿病毒性脑炎初期可通过药物治疗、日常调理的方式进行处理，具体分析如下：
感染肠道病毒可能会导致出现小儿病毒性脑炎，小儿病毒性脑炎如果不及时治疗很容易造成不良后果，家长要尽早带宝宝前往医院，在医生的指导下，进行抗炎抗病毒、对症和对有效脏器的功能支持治疗以及高压氧治疗。
在日常生活中，家长要让宝宝多休息，保持营养摄入均衡，适当进行体育锻炼，定期进行常规体检，有助于健康成长。
病毒性脑膜脑炎可以通过使用药物进行治疗。
病毒性脑膜脑炎为病毒侵犯脑膜、脑实质引起的炎症病变，最常见的是肠道病毒，其他为单纯疱疹病毒、腮腺炎病毒、腺病毒等，临床常见不同程度的意识障碍、精神异常、发热、抽搐、颅神经损害、锥体束损害等为特征，如果患者存在明显的颅内压增高症状，可以应用甘露醇；如果患者的脑膜刺激症状非常明显，可以应用散列通、曲马多等止疼药物止疼治疗。
病毒性脑炎它的治疗最根本的是抗病毒治疗，应用抗病毒的药物，除此之外也要应用脱水降颅压的药物必要时应用激素，减轻脑组织水肿。并且要对症予以改善头痛、退热及其他治疗。
可以到正规的医院挂康复科就诊，进行系统的后期的康复训练，这个是一个缓慢的过程，还请老人和家属不要太急躁，慢慢的来。另外，最为重要的是：遵从当初出院时的医嘱，继续进行积极的药物治疗，按时按量的服药治疗，切忌擅自停药，换药，增量，减量等。一定要严格遵守医生的医嘱进行治疗。
