肛瘘或者肛周脓肿的主要发病原因有：感染因素。通常是会多种致病菌混合感染所引起的。医源性因素。在直肠周围注射药物，尤其是化学性的药物，会刺激直肠从而引起组织坏死的情况，会导致直肠周围出现脓肿。或者是在做乙结肠镜检查时，有可能会造成直肠的感染，从而引起直肠后间隙出现脓肿。3、手术因素。如在进行了肛肠、会阴、尿道等部位的手术后出现了感染，会导致直肠周围出现脓肿。
肛周脓肿及肛瘘手术都是会打麻醉的所以术中的时候是不会感觉到疼痛的，不用太过于担心。二者主要表现在术后早期及换药的时候疼痛比较厉害，疼痛程度二者基本差不多，如果不能忍受可以使用止痛药。
肛周脓肿和肛瘘是同一种疾病的两种不同形式，肛瘘大多是由肛周脓肿发展而来的肛周脓肿是肛瘘的前期。脓肿如果不及时治疗，就会形成肛瘘。所以肛瘘是肛周脓肿的之后的时期。肛周脓肿和肛瘘是一个疾病的两个阶段。
肛周脓肿治疗后有的还会发复，如果反复复发，不排除有肛瘘的可能。有的是这处肛周脓肿愈合，而其他部位再发的可能，这都是有可能的。手术后要做好护理，平时避免辛辣食物，避免久坐，避免便秘。注意肛门清洁。应用消炎洗剂清洗后，定期对医院肛肠手术进行消毒伤口，减少肛瘘的发生。
肛瘘大多是由于肛周脓肿所引起的，肛周脓肿形成脓液后需及时进行切开引流换药治疗，肛周脓肿术后并不能完全排除继发肛瘘的可能，但并非所有肛周脓肿都会引起肛瘘。肛瘘也是需要进行手术治疗的，现在主要是进行换药治疗，去除脓性分泌物，以及应用抗生素药物，忌酒辛辣食物。
