小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
感染性原因：需考虑是否是秋季腹泻、轮状病毒或新病毒感染引起，细菌性原因：如细菌性痢疾感染，包括伤寒、沙门菌感染等。过敏性因素：如对奶粉蛋白质过敏，会表现为腹泻，伴有湿疹的情况。如给予止泻处理，腹泻症状改善不明显，需进行过敏检测。
如果婴儿同时伴有发热、鼻塞、流鼻涕、打喷嚏和腹泻，则必须考虑病毒性腹泻，即胃肠感冒。因此，宝宝必须多吃少量的食物和清淡的消化饮食，并且必须多喝水，多给宝宝喝水，煮一些梨水、白萝卜水、米粥和小米粥。尽量不要吃生的、冷的、辣的、太油腻的食物。一般，需要三到五天的时间来恢复，并且会慢慢好转，主要是为了防止婴儿脱水或电解质紊乱。
对于轻度的拉肚子每天的次数大约在5到8次左右，可能会出现发热，会出现恶心、呕吐。大便的量不是特别的多，呈蛋花汤样的，并且伴有轻度的腹胀，肠鸣音是亢进的，随着病情的进展，大便的次数可能会越来越多。
婴儿腹泻推拿的方法是按揉宝宝的足三里，以膝盖髌骨下方的凸起处为起点，向下四指宽胫骨外侧，用大拇指的指肚按揉这一点100-200下。也可以把手掌摊开，放在宝宝的腹部，逆时针轻揉50下左右，但一定要逆时针揉腹，顺时针揉腹则是调理便秘的。还可以让宝宝平躺在床上，用一手的食指、中指、无名指并拢，用三指指腹在宝宝腹部绕圈按摩。以腕关节连同前臂作顺时针或逆时针方向环形移动摩擦，每次3-5分钟。
婴儿腹泻的原因多种多样，常见原因如下：母乳营养成分较高，超过婴儿正常营养需求，出现腹泻。如果不采用适当的饲养方法，则给婴儿带来的饵料的量过多，或者量过少时，有可能引起腹泻。婴儿消化系统发育不良时，消化酶分泌量减少，活力下降，如果大量摄取营养，消化道的负担就会变大，引起腹泻。