手术是治疗鳃裂囊肿的最有效方法。手术切口常选择在下颌骨侧皮肤，与皮肤纹路一致，切口愈合后的瘢痕是在皮肤上划了一条线。伴有感染者不宜做手术，应使用抗生素控制感染后再接受手术治疗。
妇女孕中、晚期查彩超时，胎儿颅内囊肿明显，此时应考虑羊水穿刺以进一步诊断囊肿性质。
若是真的羊水穿刺不正常，同时考虑到胎儿畸形的话，那么就要尽早引产来终止妊娠了，毕竟胎儿畸形生产分娩之后痊愈的可能性相对较小，并且费用也是特别大的。如胎儿颅内囊肿相对较小，羊水穿刺正常，则可考虑继续怀孕，同时追踪复查彩超观察囊肿大小改变。
胎儿卵巢囊肿属于一种病症，其病因至今尚未确定，至今还在进行中。有人主张该种疾病是由母体和胎儿两方面产生的促性腺激素作用所致，其治疗原则是以观测为基础。
如果不是特别的原因，可以选择做引产。一般都是正常的，不会对孩子今后的学习和生活造成一定的负面影响。确诊之后，需要考虑胎儿的状况，以及有没有严重的内脏异常等因素，然后再考虑是不是要怀孕。
胎儿囊肿会自己消失。
胎儿囊肿通常在怀孕早期出现，孕妇身体毛细血管有病变，形成脉络丛囊肿，因此，胎儿囊肿已经形成。这种情况下胚胎很容易吸收掉一部分营养物质，造成营养缺乏，导致囊胚发育成正常细胞。但当胎儿慢慢长大后，疏松结缔组织可由纤维组织代替而消失，已分化的波浪状折叠将取代瘤样毛细血管网，这样子囊肿就可能自行缩小了，甚至有可能销声匿迹。当囊肿体积增大到一定程度时，也就成了妊娠晚期的一个征兆了，这时医生要做一些检查。一若般胎儿囊肿不大，就是对胎儿没有影响，要是大了，有可能要做流产手术。
对于胎儿来说，室管膜囊肿是严重的，毕竟它会影响到胎儿的发育，然而造成这种疾病的原因又有许多。如果母体的子宫内缺氧，那么就有可能产生这种疾病。室管膜囊肿可能是由母体子宫内感染而导致的，并且这是一个主要的原因，所以怀孕的时候，一定要注意卫生。这种疾病可能是由胎儿颅内出血而形成的，这一点也应该要注意。
胎儿有囊肿是否可以继续妊娠，或者说是否可以生下来，主要取决于囊肿的部位、囊肿的大小、生长速度，对胎儿造成影响的严重程度。如果囊肿比较小，位置并不重要，不会对胎儿导致大的影响，就可以保留胎儿继续妊娠。如果囊肿位置很危险，比如长在颅内，甚至会影响胎儿生长发育导致畸形，出生以后对未来的生活影响很大，那就不要。
