细菌性痢疾是由于细菌导致的，所以应该选择敏感性的抗生素来治疗。可以经验性使用药物，同时进行药敏实验，及时调整药物治疗。同时应注意避免服用止泻的药物以免加重病情。可是适当给予盐水来改善失水的情况，保持水电解质的平衡。
应采用中医治疗，按中医分型辨证施治用汤药治疗，同时可加用针刺治疗以调整肠道功能紊乱。抗菌治疗，在治疗上一定要保持水电解质酸碱的平衡，对脱水者来说，一般应该口服补液严重者需要输液来进行均衡身体。
治疗用以下方法比较好：局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。静脉治疗：快速静脉滴入低分子右旋糖酐（儿童10~15ml/kg，成人500ml）及葡萄糖盐水，待休克好转则继续静脉输液维持。
一般情况下，婴儿细菌性痢疾多久能好要根据婴儿的具体情况来判断，如果病情较轻，通常3-5天能好；如果病情较重，通常7-10天能好。
细菌性痢疾一般是痢疾杆菌引起的肠道感染性疾病，婴儿要通过饮食调理、生活护理、药物治疗等方式进行治疗，从而达到治愈的目的。如果婴儿细菌性痢疾的病情较轻，恢复会相对较快，如果病情较重，恢复会相对较慢。
支持和对症治疗，腹泻次数多者，大便会带走大量水分和电解质，导致脱水和电解质紊乱，轻者可予口服补液盐，严重脱水者，可考虑静脉输液。抗生素治疗，早期用适当的可吸收的抗菌药物治疗，可明显减轻症状和减少志贺菌的排出。
治疗的方法有寻找诱因，对症处置的治疗方法，避免过度劳累，勿使腹部受凉，勿食生冷饮食。还有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。
