扁平苔藓一般较难彻底治疗的，局部治疗主要是针对有疼痛症状的充血和糜烂病损，全身性治疗包括糖皮质激素、免疫制剂等，药物副作用较大，需结合症状及时减量或停用。扁平苔藓是一种较为常见的慢性皮肤黏膜疾病，与真菌感染的“癣”是不一样的，没有传染性。发病病因还不是太清楚，研究表明可能与精神因素、免疫因素、内分泌因素、感染因素、以及某些全身疾病有关。
治疗时间一般在三年左右，口腔苔藓的发生主要和精神状态压力过大，内分泌功能紊乱有关，对于扁平红苔藓需要及时的应用激素类药物进行治疗，如果不得不到及时的治疗，有可能会发生癌症变的危险。可以吃口服药来改善缓解症状，在平常的时候养成良好的饮食卫生习惯，多吃蔬菜水果，不要吃口味较辣刺激的食物。
糜烂溃疡型病人应给予软食，忌辛辣刺激之物，如生葱、生蒜、海产品、牛羊肉等，忌烫食，应尽量较少对口腔粘膜的刺激，以有利于口腔扁平苔藓病人病情的迅速好转，加速愈合。有学者提出烟、酒、烫食、嗜酸辣、龋齿、牙齿不良修复体都可能是致病因素。口腔局部物理性损伤可能是口腔扁平苔藓的病因学因素，但不去除，对口腔扁平苔藓的治疗是不利的。宜多食新鲜蔬菜，水果。
没有特效药，口腔扁平苔藓的病因通常不清楚。人们普遍认为它是一种身体和精神疾病，即一种与精神有关的疾病，因为它容易使女性病人更年期。也有一些相关的研究，例如，它被认为与某些细菌的感染或其他疾病如肝炎和甲状腺炎有关。
口腔扁平苔藓目前还不能完全根治，可以通过药物治疗，调整心态，治疗全身性疾病，平时要注意口腔卫生，消除不良刺激，牙齿残冠残根，注意饮食清淡，多吃新鲜蔬菜水果，不吃刺激性食物。
