两种药有不同的适用方向。阿莫西林主要对上呼吸道疾病、支气管炎等全身感染性疾病效果比较好，而头孢克肟主要用于下呼吸道感染效果比较好如肺炎等。一般感冒的初期病程都是鼻塞，流鼻涕，发热，咳嗽等上呼吸道感染症状，所以只能在前期按模型体现出主要的治疗效果。
头孢克肟的主要不良反应有消化道反应，例如腹泻，皮肤症状，部分可出现皮疹。还可以导致嗜酸性粒细胞增多，和某些临床检查值异常。严重的不良反应，有休克，过敏性症状，例如呼吸困难，血管性水肿，荨麻疹等。也可引起粒细胞缺乏症，溶血性贫血等，对肾功能有一定的影响。还可引起一些皮肤的病变。
头孢克肟与头孢丙烯都属于头孢类药物，其抗菌谱相似，所以作用也是相似的。可用于上呼吸道感染，下呼吸道感染，皮肤及软组织感染等疾病的治疗。两种消炎药不可以同时吃，头孢克肟是可以代替丙烯治疗扁桃体炎的。
一般情况下，头孢三代抗生素是一种口服的头孢三代抗生素。有用药的宝宝可以放心服用，但也有一些不良的症状，比如肠胃的反应，有些小孩服用后会出现恶心呕吐甚至拉肚子等症状。一些儿童比较容易发生皮肤瘙痒、咳嗽加重等症状，服用了头孢克肟后要马上停止使用。如果使用了长时间的头孢克肟，尤其是儿童有痢疾，很可能会引起肠道菌群失调，引起二次感染，从而加重痢疾等情况，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
头孢克肟和阿莫西林，都是抗生素用药，阿莫西林是一种最常用，应用较为广泛的口服半合成青霉素，口服吸收好，容易耐药，头孢克肟是第三代头孢类，具有抗菌谱广、抗菌作用强、耐青霉素酶、过敏反应较阿莫西林少见等优点，可用于一些比较严重的感染。
这种药物服用过量的副作用可发生哮喘、眩晕、耳鸣、出汗、皮肤粘膜红斑、水疱、烧灼感、疼痛，还有的表现为溶血性贫血、血小板减少、点状出血、紫斑、血红蛋白尿等。如果出现腹痛，反复的腹泻应立即停止给药，并采取适当的处置措施。
