纯净水中不含人体所需的矿物质，长期饮用会导致人体缺乏微量元素，从而引起四肢无力，精神不振等亚健康问题。纯净水的为弱酸性，长期饮用会破坏人体正常的酸碱平衡，使人体呈酸性。
软水地区心脏病的死亡率比硬水区高，主要原因就是这些地区的软水中镁离子的含量太少，大约只有硬水中镁离子含量的四分之一。镁是构成骨骼牙齿和细胞浆的主要成分，并与神经的调节和肌肉的活动，体内的酸碱平衡多种酶的活动有密切的关系，软水地区的人，长期饮用含镁量不足的水，容易发生体内镁离子缺乏，引起蛋白质合成障碍和神经功能异常，所以临床中容易出现震颤，共济失调，血管硬化和心肌的含量降低等症状。
长期喝纯净水不好，对健康有明显的危害。人体的六大营养要素包括水，无机盐，纤维素，蛋白质，脂肪和碳水化合物。其中无机盐和水需要通过饮水，摄食共同来完成。而纯净水中，没有无机盐。如果长期饮用纯净水，可以导致体内矿物质的不足，出现缺钙，缺镁等改变。
如果是长期饮用纯净水，是不会患软骨病的。
软骨病是由于缺乏维生素D，所以会出现钙磷代谢失调，导致血钙低，血磷含量低。这与长期饮用纯净水没有任何关系，并不会导致人体缺乏维生素D。因此，长期饮用纯净水是不会患上软骨病的。
软骨病后患者要注意补充维生素D和钙质，避免软骨病的症状恶化，导致骨关节部位发育畸形。
孕妇长期喝纯净水不好，孕妇应该小心饮用纯净水。纯净水是从自来水中过滤出来的。虽然许多杂质被过滤掉了，但对身体有益的矿物质也被过滤掉了。这样的水凝聚成线团，渗透性差，不易被人体细胞吸收。大量使用时，也会带走人体内有用的微量元素，从而降低人体的免疫力，易患疾病，对胎儿有害。
