最常见的不良反应是胃肠道的反应如厌食，恶心，呕吐，胃部不适，反酸，烧心，还有牙龈增生伴出血疼痛，容易造成肾损害，高血压。不常见的不良反应有惊厥，肝功能异常，胆汁淤积，高尿酸血症，血小板减少，肢体感觉异常，高血糖过敏，白细胞减少，血尿等。
通常服用到环孢素怀孕第十二周后停药。
若是孕妇因为肾脏移植后需要服用环孢素来抑制排斥反应，在怀孕以后，需要一直服用环孢素，不应该出现停药的现象。可能是因为出现停药的情况，可能会导致肾脏出现明显的排斥反应，严重者会出现肾坏死的情况。若是孕妇在怀孕后出现胚胎停育的情况，服用环孢素进行治疗，需要到怀孕十二周后在进行停药的情况。
目前尚无妊娠妇女使用环孢素有效性的临床大样本研究，但根据小样本研究，孕妇用环孢素并不对胎儿产生很大的影响。在对器官移植妇女使用环孢素的研究中发现，仅可能导致低体重儿和早产。
环孢素是一种新型的T淋巴细胞调节剂，能特异性的抑制辅助性T淋巴细胞的活性，在临床上可以用于再生障碍性贫血的治疗。另外，还可以用于难治性自身免疫性血小板减少性紫癜，难治性狼疮肾炎等的治疗。还可以用于预防和治疗骨髓移植时发生的移植物抗宿主反应，以及其他器官和组织移植所发生的排斥反应等。其主要不良反应为肾毒性，牙龈增生，恶心，呕吐，厌食等胃肠道反应等。
是可以治疗肾病综合症，各种肾炎，比如糖尿病肾病、紫癜性肾炎、急性肾炎、慢性肾炎等。可以预防同种异体肾、肝、心、骨髓等器官或组织移植所发生的排斥反应，除了可以治疗肾病之外，还可以治疗贫血、银屑病、难治性狼疮肾炎等。
环孢素软胶囊是一种强效免疫抑制剂，能够延长同种移植皮肤、肾、肝、心脏、胰脏、骨髓、小肠和肺等器官的存活时间，并且可抑制体液免疫的活性，对细胞介导的免疫应答亦具有更强的抑制作用。