治疗主要是以抗病毒治疗为主。有潜伏期、爆发期、疱疹期、愈合期四个时期，疱疹型咽峡炎存在着一定的潜伏期，并不是当场突然患病，潜伏期大概是2到4天的时间，还有的少数人的潜伏期是俩周左右，发病时间就在春秋两季比较高，临床表现是发热、咽痛、咽峡部粘液小疱疹和浅表溃疡。
潜伏期疱疹性咽峡炎感染后一般不会马上发病，时期称之为潜伏期。前驱期疱疹性咽峡炎的潜伏期过后，便是前驱期。水疱期当病情继续发展，患儿开始进入水疱期。溃疡期当口腔内水疱继续发展2-3天后，患者会出现低烧或者烧退的现象，但水疱开始破溃，口腔出现溃疡面，患儿开始感到口腔疼痛，出现流口水、拒食等症状。
疱疹性咽峡炎是特殊类型的上呼吸道感染，有一定的传染性，而且潜伏期比较短，一般是两到三天左右。主要是由于柯萨奇病毒感染引起的，而且好发于夏秋季，起病比较急，出现高烧，咽痛，厌食，恶心，呕吐等症状，局部可见咽部充血，咽峡部可见两到四毫米的疱疹，周围有红晕，破溃以后可以形成小溃疡。
疱疹性咽峡炎症状有很多，在起病时会出现高热、咽喉肿痛以及流诞等症状，并且在随着病情持续加重后，会导致厌食、情绪烦躁、吞咽障碍、精神萎靡等表现，所以在发病期间会导致身体出现明显的不适。
疱疹性咽峡炎常见于小儿，患儿常表现为高热、惊厥、烦躁不安等症状，成人往往主诉咽痛、咽部不适、发烧等症状。由于患儿言语表达欠佳，往往表现为哭闹，对患儿进行查体时，往往会发现咽峡部有少量或多个点状或疱疹样改变，一般采取对症支持治疗。
