肛瘘检查目前主要检查靠医生的望诊（看），直肠内手指触诊，肛镜下观察直肠内部情况来确诊，但是可以通过以下几种检查方式来确诊：瘘管的造影、磁共振、B超等，有时需要多种方法来合参。
长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
肛瘘通常需要手术，因为如果不治疗很少会自行愈合。常见的手术方法包括：瘘管切开术包括切开瘘管的整个长度，使其愈合成扁平瘢痕。挂线术：将一条外科线放置在瘘管中并放置数周以帮助它愈合，然后再进行进一步的治疗。
肛门流脓：肛门周围反复流脓水是肛瘘的主要症状，其特点是流脓时多时少，反复发作，缠绵不愈，肛门经常潮湿，内裤不干净，给生活上带来很多不便。疼痛：肛瘘不发炎时，一般是不会疼痛的，但如果局部发炎，脓液排不出，肛门局部就会出现肿瘤痛难忍，坐卧不安，随着脓液的排出、疼痛会逐渐减轻。
肛瘘表现可通过以下共同特征自己检测：排脓是其主要症状。新生成的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管通畅无炎症，一般无疼痛，只有肛门局部轻度肿胀，步行可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，增加排便或疼痛时疼痛加重；瘙痒，肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。
