宝宝半夜发烧39度应该及时遵医嘱使用口服布洛芬混悬液来治疗，要遵医嘱。
布洛芬混悬液的退热效果很好，一般在半小时之内会出现明显退热，但退热时间维持不稳定，大约4到6小时，但是该药用药间隔至少4到6小时，24小时运用最多不能超过四次，并且使用该退热药物的时候，一定及时给宝宝补水，避免造成脱水，另外要遵医嘱使用。
发烧指发热。宝宝半夜突然发热，根据孩子的表现来判断发热的原因，如果不明确，体温在39℃以上，可以考虑给孩子服用退烧药，但在服用了退烧药后，仍要及时就医。
体温在38℃左右的孩子精神状态比较好，一般不需要服用退烧药，可以给予孩子一些流质的食物和水，或使用退热贴、温水擦拭身体来帮助退热，让孩子自己恢复，这样可以提高孩子的免疫力。
一般情况下，两岁宝宝半夜发烧39度，可以通过药物治疗、物理治疗、日常护理等方法进行治疗。具体分析如下：
1.药物治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，属于高热的范畴，家长可以在医生的指导下使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂、小儿豉翘清热颗粒等药物给宝宝治疗。
2.物理治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，可以贴退热贴、用冰块冷敷额头、温水擦浴、等，达到物理降温的效果。
3.日常护理：平时多带孩子进行体育锻炼，具有增强体质的效果，还要多晒太阳。
宝宝半夜出现发烧而且伴有呕吐的现象，首先要考虑是不是出现了急性肠胃炎的情况。还要追溯孩子的发病原因，是否饮食过程中食用了变质，油腻过度的食物，或者饮食过于繁杂，生冷等。因为急性肠胃炎多是由于这些饮食情况所诱发的，也会出现发烧，以及呕吐，腹痛腹泻等症状。可以去医院检查一下血常规和大便常规，必要时做大便培养，以明确诊断。
宝宝半夜发烧是消化不良引起的积食发热，可以轻柔宝宝的腹部，同时配合口服益生菌促进胃肠蠕动，加快食物的消化。或是由于白天运动量过大、过度劳累，外界环境温度过低，室内空气温度降低，再加上睡觉蹬被子受凉导致免疫力低下，病毒感染所致的感冒发烧，是儿科常见的多发疾病，是不需要担心的。
半夜宝宝发烧39度，如果家里没有退烧药物，可以采取物理降温。物理降温的方法有很多种，可以用生菜根熬水喝或者是服用姜糖水、葱白水，也可以用冰块或者是凉毛巾冷敷额头部位，两个小时之后重新测量体温。
