卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿是可以通过手术取出囊肿的。平时要多注意情绪的调节，保持心情舒畅，多休息，多吃些清淡的，少吃辛辣刺，激性过大的食物，多吃水果，多喝点热水。具体需要遵训医嘱。
卵巢囊肿应肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。包块大于4-5cm，无法排除恶变的情况下，明确性质，同时进行治疗，如为恶性病变还需进一步扩大手术范围。包块在2-3cm、生理性囊肿、生长缓慢者，定期观察即可。
卵巢囊肿是女性比较常见的疾病就是组织液排出不通畅，卵巢里面有发生炎症病变损害，但是有极少数的卵巢囊肿会诱发肿瘤疾病的高发。像这种混合性的卵巢囊肿配合一些活血散结的药物。
大部分都是良性的，但是有百分之10到20左右也是恶性的，做腹腔镜手术进行切除，并且在手术后还需要做化疗或放疗防止复发，在粘液腺卵巢囊肿治疗好以后，才有怀孕的可能性，不然会引起不孕。
首先针对卵巢囊肿病人，医生判断病变是良性还是恶性，以及是生理性还是病理性，生理性囊肿，要是下小于5cm的，大部分在2-3cm左右，不需要治疗，只需要随访即可。如果是大于5cm的囊肿，不管是良性还是恶性，都建议进行手术做病理检查进一步明确良恶程度。
