及早进行手术治疗，手术切除后做病理检查，以确定诊断后，再考虑下一步的治疗方案。如果伴有核分裂像则属于低度恶性肿瘤，但无论良恶性肿瘤均易复发，所以需要定期复查。
胃肠道间质瘤需要手术治疗，要求R0切除，术后还要进行辅助化疗、一系列的治疗，胃肠道间质瘤术后有复发率，常规胃肠道间质瘤的复发率很高，一般在40%-90%，原发病灶比较孤立或者小的病灶，复发率是35%。
胃底间质瘤与癌症是两个不同的概念。所谓间质瘤是原发于胃黏膜下的肌肉层交界性肿瘤，那么根据肿瘤大小以及其核分裂象通常分为良性间质瘤和恶性间质瘤。对于良性间质瘤通过手术切除就可以达到治愈。恶性间质瘤通过手术切除以后，并定期复诊。而胃癌通常需要手术根治切除，并术后配合化疗。
胃镜下胃间质瘤切除方法有ESD剥离术，隧道法和全层切除法是剥离术主要的方法，隧道法就是在胃黏膜下打隧道，找到病变挖除，然后把隧道口封闭，ESD挖除法指将黏膜表面剖开，把病变直接挖除。
胃肠间质瘤是源于胃肠道未定向分化的间质细胞，是一种间叶组织来源肿瘤。所有这部分间叶组织来源的肿瘤应该都有复发转移的倾向和可能，因此在本质上仍然是属于恶性肿瘤。
胃肠间质瘤是恶性肿瘤，大部分的胃肠间质瘤恶性程度不是很高，治疗方法主要是手术切除及靶向药物治疗。现在诊断是胃肠间质瘤的情况下需要及时的手术切除及病理化验，如果胃肠间质瘤直径大于5厘米的症状下，术后一般需要口服靶向药物如格列卫，预防肿瘤复发及转移。
