卵巢囊肿的病因并不是很清楚，可能有多方面的原因，有的是先天性的，有的与内分泌有关系等。另外，对于卵巢囊肿的治疗，药物治疗是没有作用，除非是手术治疗，但大多数很小的囊肿不需要治疗。不知道病人的囊肿大小，若是囊肿小于5cm，定期复查就可以。
诱发因素主要有遗传因素，内分泌因素：卵巢是排卵、分泌性腺激素的重要器官，卵巢肿瘤多发生于生育年龄；生活方式因素长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大以及环境因素。
怀孕会卵巢囊肿的原因如下：
女性患者在怀孕以后，卵巢需要形成黄体，黄体的分泌的激素，才能够支撑正常的怀孕，继续延伸下去。在这情况下，卵巢的黄体继续增大，就会在B超下显示，卵巢比没有怀孕时要大，因此，孕妇对于这个问题不必过度紧张担忧。如果囊肿存在异常，就需要及时去正规医院进行检查治疗，防止出现不必要的意外。另外，孕妈在孕期需要定期去正规医院进行产检，观察胎儿的发育状况，排除胎儿的异常情况。
卵巢囊肿如果是生理性并且囊肿在5厘米以下不算严重，如果发现囊肿大于6厘米，并且有逐渐增大的现象，就建议及早住院进行手术治疗了。卵巢囊肿是不会有生命危险的。
生理性的卵巢囊肿多是因为内分泌失调引起的黄体囊肿或是卵泡不破裂等疾病引起的。病理性的卵巢囊肿可以分为普通的卵巢囊肿以及巧克力囊肿，囊肿原因有内分泌失调或者是长期炎症刺激，如果是巧克力囊肿，可能是子宫内膜异位症或者是炎症刺激引起的。
