通常情况下，可以通过心脏超声检查、心脏CT检查等方式来检查先天性心脏病。
心脏超声检查是一种简单而无创的检查方法，它能明确诊断出房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、法洛四联症等先天性心脏病。还可以通过心脏CT等辅助检查来确诊先天性心脏病，同时还可以进行增强CT检查。心脏MRI动态血流检测有助于明确病因，如有复杂的血液流动异常。
大多数的先天性心脏病都可以通过产检来确定。
妊娠10-14周的时候需要做Nt检测，早期nt检测结果不正常，说明胎儿有唐氏综合症或者先天性心脏病。22-26周的时候做大排畸检查，可以清楚、系统的观察胎儿的心血管系统的发育，如果是先天性心脏病，可以做胎儿心脏彩超检查。
如果胎儿存在先天性心脏病，在出生后可以进行洗头治疗。
一般情况下，大多数的先天性心脏病都可以通过外科修复得到治愈，术后要进行一次全面的体检，其中心脏彩超可以观察到术后的疗效和心脏的康复状况，有些先天性心脏病术后会出现肺部感染、气胸、心律不齐等问题，因此在术后还要进行心电图和全胸片的综合分析，可以明确病情，再对症治疗，建议患者尽早进行治疗，有利于身体健康。
对一些明显的先天性心脏病，在做四维彩超的时候，大多数都能检测出来，但是医学不是万能的，有一些不明显的不典型的疾病，还是检查不出来的，社会和医学是在进步的。
先天性心脏病孕期可查出。
到了孕16周时胎儿心脏结构就已经发育完全。因此在孕22~24周时进行四维彩超检查是比较好的，能够直观地了解到胎儿心脏具体状况。提示孕妇孕期应按时做各种常规检查并时刻观察胎儿发育状况，若出现异常可及时治疗。
此外，还应加强休息，注意不要过度疲劳、不精神压力、保持心情舒畅，以免影响胎儿的健康成长。
羊水穿刺不能检查出先天性心脏病，建议采用染色体缺陷检测。
羊水穿刺可以发现孩子有没有遗传问题，一般诊断为无脑和脊髓裂，同时也可以检测到孩子的肺和肾的发育情况，并且能有效地防止婴儿溶血性。不过，羊水穿刺不能检测到先心病，也不能确定胎儿有没有先天的疾病，如果怀疑有先天性心脏病，则可以通过染色体缺陷检测。