一般来说，打乙脑疫苗后发烧39度的原因如下：
疫苗的副作用可能会导致患者出现打乙脑疫苗后发烧39度的情况。正常情况下，发烧症状的时间不会持续太久，基本会在3天内缓解。口服布洛芬混悬液，多喝温水以及温水擦拭身体的物理降温方式都可以有效改善症状。
日常生活中，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，有利于身体恢复。
打预防针之后的当天晚上或者1-2天后会有些低热现象，有时甚至演变成为发烧、感冒。这是疫苗在体内与机体的免疫系统发生作用，产生的不良反应。发热体温在38.5℃以下，持续1-2天，身体的抗病能力会下降，要多喂水、注意多休息。
一般情况下，宝宝接种了疫苗之后会发热，要根据发热的具体情况进行分析，比如咳嗽、打喷嚏、流鼻涕等，可以考虑是上呼吸道的疾病，可以口服小儿氨酚黄那敏颗粒、小儿头孢克肟、鲜竹沥口服液等药物进行治疗；宝宝出现腹泻、呕吐等症状时，可以口服妈咪爱、蒙脱石散、乳酸菌素片等药物进行治疗。体温38.5摄氏度以上要吃退烧药，没有明显的表现，可能是因为打了一针流感引起的发热，可进行物理降温。
乙脑减毒活疫苗后发烧可以采用物理降温，额头可以贴退热贴，用温水擦洗腋窝、前胸后背以及腘窝等部位，帮助散热退烧，也可采用药物降温，发烧期间注意休息，多饮温水。
孩子打完乙脑疫苗后发烧一般不会超过三天,乙脑疫苗作为外源性的致热源,可以引起机体发热,这种发热一般大部分孩子都是低热,很少有高热的,持续时间不超过三天,大部分孩子在一天左右。另外，乙脑疫苗接种后的不良反应还包括注射局部红肿、疼痛以及食欲不振、胃肠不适等消化道症状，一般持续3天左右就会自动消失。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
乙脑减毒活疫苗是降低了毒性的乙脑病毒，这种疫苗注射到人体后，人体免疫系统就会发挥作用，产生大量的抗体。在发挥作用的过程中，可能会导致人体体温出现异常。如果发烧在38度左右，这种情况属于低烧，可以采用物理降温的办法治疗，额头可以贴退热贴。
