卵巢囊肿即使是良性的，也有可能随着子宫的增大产生不良影响。卵巢囊肿在早孕时可能引起流产，中期妊娠时则易发生卵巢囊肿蒂扭转，晚期妊娠囊肿较大者可导致胎位异常，分娩时可能阻塞产道引起难产。妊娠期盆腔充血，可使肿瘤迅速增大甚至有引起恶变的可能，所以在不影响妊娠的情况下，应尽早做手术。
巢囊肿一般是内分泌失调引起的，属于良性病变，生长缓慢，如果小于6个厘米，可以先观察，暂时不用手术治疗。建议平时养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。保持良好的心情，不要过度紧张。
腹围增粗、腹内肿物是主诉中最常有的现象。腹痛如肿瘤无并发症，极少疼痛，月经紊乱一般卵巢，甚至双侧卵巢囊肿，由于并不破坏所有的正常卵巢组织，故多半不引起月经紊乱。
卵巢囊肿如果是生理性并且囊肿在5厘米以下不算严重，如果发现囊肿大于6厘米，并且有逐渐增大的现象，就建议及早住院进行手术治疗了。卵巢囊肿是不会有生命危险的。
卵巢囊肿大多数是不容易怀孕的，就是怀孕了也容易引起畸胎瘤。卵巢囊肿导致女性不孕。卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，而各个不同阶段的卵泡在卵巢皮质，若卵巢遭受到破坏，使卵子发育、成熟及排出受损，就会导致不孕。在怀孕之前一定要先治疗。
手术治疗，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除等后是卵巢囊肿的手术治疗方法。药物治疗：药物疗法治卵巢囊肿疗效停留在缓解症状层面，中医治疗：目前，中医治疗卵巢囊肿已经获得一定突破，大部分囊肿经过一段时间的治疗可以控制或者缓解病情，但是，疗效多停留在缓解症状层面上，很难进行彻底的治疗。
